20世紀50年代,開始中醫(yī)針灸的文獻研究工作。20世紀60年代后,研究重點放在了經(jīng)絡問題上。他在262醫(yī)院的協(xié)作下,共同完成的“體表循行81例研究”為中國早期經(jīng)絡研究起到了一些推動作用。改革開放后,程莘農(nóng)多次主持國家級、部級課題。其中作為主研人進行的“循經(jīng)感傳和可見經(jīng)絡現(xiàn)象的研究”獲中國國家中醫(yī)藥管理局科技進步一等獎。在學術觀點上,以《靈》《素》《難經(jīng)》為主,反對玄學,提倡務實創(chuàng)新,對針刺“三才法”的改進頗有新見。
許多學術觀點、方法,諸如針灸理法方穴術辨治理念、六陰經(jīng)有原論、八脈交會統(tǒng)一論等,并創(chuàng)立了在臨床上所特有的“一竅開百竅法”、“通調(diào)四關法”、“八穴鎮(zhèn)痛法”等,在學術上獨樹一幟。在臨床、教學和科研中,重視中醫(yī)基礎理論對針灸臨床的指導作用,尤其是經(jīng)絡歸經(jīng)辨證,依據(jù)經(jīng)脈循行,將病候歸經(jīng)辨證,據(jù)證立補瀉、溫清、升降六法,依法定君臣佐使、大小緩急奇偶復,確立了“緣理辨證、據(jù)證立法、依法定方、明性配穴、循章施術”的針灸臨床辨證論治體系。作為主研人進行的“循經(jīng)感傳和可見經(jīng)絡現(xiàn)象的研究”曾獲中國國家中醫(yī)藥管理局科技進步一等獎,主持的“十四經(jīng)穴點穴法”獲衛(wèi)生部科技一等獎,參與的“經(jīng)絡的研究”獲北京市科學技術獎二等獎。