瞿文樓出身世醫(yī)之家,父親瞿子安是光緒30年前后太醫(yī)院御醫(yī)。他幼承家學(xué),后考入太醫(yī)院醫(yī)學(xué)館,于光緒三十四年以一等一名的成績(jī)畢業(yè),后任太醫(yī)院肄業(yè)生、恩糧(有薪金的實(shí)習(xí)醫(yī)師)、醫(yī)士、八品吏目(相當(dāng)于住院醫(yī)師)。辛亥革命以后,在北京南池子官豆腐房13號(hào)行醫(yī)開業(yè)。
1934年,瞿文樓與孔伯華、蕭龍友等創(chuàng)辦北平國醫(yī)學(xué)院,歷時(shí)15年,共培養(yǎng)學(xué)生700多名。曾被聘為北平國醫(yī)學(xué)院、華北國醫(yī)學(xué)院教授,講授《兒科學(xué)》等課程。其傳人有趙紹琴、周慕新、欒志紅、金子文等。1930~1936年瞿文樓為弟子趙紹琴講授中醫(yī),并批改論文。
瞿文樓行醫(yī)四十余年,診病周詳,辨色看舌尤為精細(xì)。對(duì)溫病有精深研究,強(qiáng)調(diào)宣暢氣機(jī),均以引邪外出為要。治瘡瘍外癥,每用調(diào)和氣血,不專恃用涼法,認(rèn)為寒則澀而不流,溫則消而祛之。對(duì)眼疾治療有獨(dú)特見解和經(jīng)驗(yàn)。
1949年后,曾擔(dān)任北京中醫(yī)學(xué)院、北京中醫(yī)學(xué)會(huì)、北京市第二門診部顧問等。