長期的生產(chǎn)、生活和醫(yī)療實(shí)踐，以及獨(dú)特的自然環(huán)境和地理位置，使藏醫(yī)學(xué)逐步形成了自己獨(dú)特的理論體系。其歷史之悠久，內(nèi)容之豐富、系統(tǒng)是僅次于漢族醫(yī)學(xué)的一個(gè)完整的醫(yī)學(xué)體系。

藏醫(yī)理論認(rèn)為，人體內(nèi)存在三大因素，"龍"、"赤巴"、"培根"；七大物質(zhì)基礎(chǔ)，即飲食精微、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精；三種排泄物，即小便、大便、汗。三大因素支配著七大物質(zhì)基礎(chǔ)及三種排泄物的運(yùn)動變化。在正常生理?xiàng)l件下，上述三者互相依存、互相制約，保持著相互協(xié)調(diào)和平衡，當(dāng)三者中的任何一個(gè)因素或幾個(gè)因素由于某種原因而出現(xiàn)過于興盛或衰微的情況時(shí)，則變成了病理性的東西，而出現(xiàn)隆病、赤巴病和培根病，治療上就需要對三者進(jìn)行調(diào)整，使其恢復(fù)到協(xié)調(diào)狀態(tài)。

龍：是維持人體生理活動的動力，其性質(zhì)近似于漢族中醫(yī)的風(fēng)或氣，但含義比中醫(yī)的風(fēng)或氣更為廣泛。

赤巴：譯成漢語是膽或火，具有中醫(yī)"火"行的性質(zhì)。主要功能是產(chǎn)生熱能，維持體溫，增強(qiáng)胃的功能，長氣色，壯膽量，生智慧等。

培根：譯成漢語是涎或水和土，它相當(dāng)于中醫(yī)的津、涎，但含義較為廣泛，與人體內(nèi)津液、粘液及其他水液的物質(zhì)和機(jī)能保持密切的關(guān)系。

關(guān)于疾病發(fā)生的機(jī)理，藏醫(yī)認(rèn)為歸根到底是由于龍、赤巴、培根三者之間失去平衡和協(xié)調(diào)，使身體的受到傷害，而危及健康。因此，治療目的，就是調(diào)整這三大因素的偏盛偏衰，達(dá)到重新協(xié)調(diào)的目的。

藏醫(yī)由于民族風(fēng)俗，對人體的構(gòu)造有較具體和深入的了解，在各種傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)體系中，可以說是最先進(jìn)的一種。

藏醫(yī)認(rèn)為，七大物質(zhì)中，以飲食精微最重要，其它物質(zhì)均由它轉(zhuǎn)化而來。血能維持生命；肉似圍墻，保護(hù)身體；骨為支架，構(gòu)成軀體；骨髓生精；精能生殖繁衍；脂肪榮潤膚色。三種排泄物則是人體正常生理活動的產(chǎn)物。

人體內(nèi)的器官，藏醫(yī)認(rèn)為也有五臟六腑，五臟指心臟、肝臟、脾臟、肺臟和腎臟，六腑指大腸、小腸、胃、膀胱、膽和三姆休。對于各臟器的生理功能，古代藏醫(yī)用生活中的各種活動和所需的用品來作比喻。如：心臟---國王，端坐在寶座上，居人體胸腔的正中；肺臟---猶如大臣和太子，圍繞著君王；肝臟和脾臟---似君王的大、小后、妃，遠(yuǎn)處在君王下端，介關(guān)系又很密切；腎臟---像一座房屋的脊梁，沒有它，身體就不能成一棟大廈。它又如一國中的外戚；三姆休---相當(dāng)于中醫(yī)的三焦。但藏醫(yī)認(rèn)為，它在男性指精囊，在女性指卵巢，猶如一國中的珍寶庫；胃---等于一個(gè)家庭中的炒鍋，是用來盛裝食物的，且負(fù)責(zé)把食物煮熟；小腸、大腸---在一個(gè)國家中，它的位置相當(dāng)于王后的奴仆；膽---是一個(gè)風(fēng)皮袋，內(nèi)可盛裝重要的東西；膀胱---在一個(gè)家庭中，好比一個(gè)儲水罐，用來盛裝水。

藏醫(yī)認(rèn)為，人身有360塊骨頭，其中脊椎骨28塊，脅骨24塊，牙齒32顆，四肢大關(guān)節(jié)有12個(gè)，小關(guān)節(jié)有210處，韌帶16處，頭有21000根，汗毛孔

有1100萬。

古代藏醫(yī)民經(jīng)敘述了人體內(nèi)一些管線系統(tǒng)，即脈管，脈管有多種，可分為黑白兩種脈。其中白脈十分重要，事實(shí)上相當(dāng)于我們所說的神經(jīng)。白脈起自腦部，《四部醫(yī)典》中這樣描述："從腦部脈的海洋里，像樹根一樣向下延伸，司管傳導(dǎo)的脈有19條。"如受傷或患病，則可引起肢體的運(yùn)動失調(diào)。關(guān)于黑脈，則相當(dāng)于血管，認(rèn)為它象樹枝一樣，有的與臟腑相連，有的與皮膚肌肉相連，更有微細(xì)的脈道遍布全身。

作為一種傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)，藏醫(yī)在當(dāng)時(shí)還缺乏實(shí)驗(yàn)手段，尤其是沒有精巧的儀器，難于有今天這樣精密而科學(xué)的認(rèn)識，但從上面的敘述可以看出，古代藏醫(yī)已對人體粗略而籠統(tǒng)的認(rèn)識，而且也是較為科學(xué)的。

值得一提的是，藏醫(yī)學(xué)中的胚胎學(xué)，藏醫(yī)在這方面有著輝煌的歷史，也有很多成就。

藏醫(yī)認(rèn)為，胎兒是由父親的精與母親的血二者結(jié)合而成的，不論是父精，或是母血，只要一方有病，如隆、赤巴、培根有病，就無法受孕，如精或血的外觀粗糙，顏色、粘稠度異常，氣味不正等，都不會受孕懷胎。在沒有顯微鏡足以觀察到細(xì)如精子或卵子的結(jié)構(gòu)時(shí)，這種描述不僅是自然可取的，而且具有十分重要的意義。因?yàn)樵谂f社會，總是把不孕的責(zé)任全歸咎于婦女，而藏醫(yī)卻明確提出男女雙方有著同樣責(zé)任，這是完全符合科學(xué)道理的。

藏醫(yī)還指出，胎兒的形成，還需要正常的"五源"條件。所謂"五源"，是指土、水、火、風(fēng)、空。無獨(dú)有偶，漢族中醫(yī)也認(rèn)為，胎兒形成后，逐漸發(fā)育，"四月而水受之，五月而火受之，六月而金受之，七月而木受之，八月而土受之"，二者不謀而合，只是藏醫(yī)的"五源"與中醫(yī)的"五行"稍有不同，中醫(yī)的土，是發(fā)育的土地，而藏醫(yī)的"空"，是胎兒發(fā)育的空間，意義上都相差不遠(yuǎn)，也都認(rèn)為，這五種必須同時(shí)具備，缺一不可，而且五者應(yīng)互相協(xié)調(diào)，胎兒才能正常發(fā)育。

中國有句古話，叫"十月懷胎，一朝分娩。中醫(yī)對胎兒發(fā)育的認(rèn)識，也都以十個(gè)月為準(zhǔn)，逐月敘述胎兒發(fā)育的情況，如南北朝時(shí)期的《逐月養(yǎng)胎方》就有"妊娠一月始胚，二月始膏，三月始胞，四月形體成，五月能動，六月筋骨立，七月毛發(fā)生，八月腑腑具，九月谷氣入胃，十月諸神備，日滿即產(chǎn)矣"的記述，用以觀察描述胎兒的發(fā)育。對此，藏醫(yī)的認(rèn)識則更為細(xì)致而深入，它是以周日的時(shí)間為單位來認(rèn)識和觀察人體胎兒發(fā)育過程的，胎兒從形成到成熟分娩，需要38周的時(shí)間。

藏醫(yī)對胚胎學(xué)的認(rèn)識，在古代各國醫(yī)學(xué)中，可以說是首屈一指的，從歷史的觀點(diǎn)看，更有其先進(jìn)性。