316世紀(jì)中葉至20世紀(jì)中葉是近代蒙醫(yī)理論體系的形成與發(fā)展時期。

明代中后期，隨著藏傳佛教傳入蒙古地區(qū)，在全面接受和弘揚佛教文化的背景下，印度醫(yī)學(xué)和藏醫(yī)學(xué)深深地切入人們的日常生活，傳統(tǒng)蒙醫(yī)學(xué)的發(fā)展進(jìn)入了新的歷史階段。

1576年，藏醫(yī)經(jīng)典著作《四部醫(yī)典》傳到蒙古，印度佛教巨著《丹珠爾經(jīng)》于17世紀(jì)末被譯成蒙文，同時期在佛教寺院設(shè)置醫(yī)學(xué)教育的專門機(jī)構(gòu)——曼巴札倉，興辦醫(yī)學(xué)教育，這些在蒙醫(yī)發(fā)展史上起著重要作用。蒙醫(yī)吸收了藏醫(yī)學(xué)及印度醫(yī)學(xué)的以五元學(xué)說為核心的“三根理論”和“七素理論”及臨床治療，并把它與中醫(yī)的陰陽五行學(xué)說相互滲透，結(jié)合蒙古地區(qū)的的特點和民間療法，創(chuàng)造性地加以改造和發(fā)展。18世紀(jì)的杰出蒙醫(yī)學(xué)家伊希巴拉吉爾，在他寫的《甘露四部》一書中，首次提出“六基癥”理論，認(rèn)為一切疾病的發(fā)生都以赫依、希拉、巴達(dá)干、血、黃水、蟲為根源。在藥物學(xué)方面，蒙醫(yī)學(xué)家們創(chuàng)造了適合于本地區(qū)實際情況的獨特的配制法、用藥法等。同時還吸收了漢藏等兄弟民族的藥物學(xué)理論知識，使自己的藥理學(xué)理論更加完善和發(fā)展。

在17世紀(jì)至18世紀(jì)，涌現(xiàn)出很多的著名藥物學(xué)家和方劑學(xué)家。當(dāng)時，依希巴拉吉爾撰寫的《認(rèn)藥白晶藥鑒》是內(nèi)容比較豐富的蒙藥學(xué)著作，收錄了801種藥。18世紀(jì)藥物學(xué)家羅布僧蘇勒和木撰寫了《認(rèn)藥學(xué)》四部書，即《珠寶、土、石類認(rèn)藥學(xué)》、《木、湯、滋補(bǔ)類認(rèn)藥學(xué)》、《草類認(rèn)藥學(xué)》、《鹽、灰、動物產(chǎn)品認(rèn)藥學(xué)》。19世紀(jì)，蒙藥學(xué)家占巴拉道爾吉撰寫了《蒙藥正典》這是一部較完整的蒙藥學(xué)經(jīng)典著作，收載了879味藥，詳細(xì)說明了每味藥的產(chǎn)地、形態(tài)、性味、功能、入藥部分、采集時間、炮制法等，并分別用蒙漢藏文名詞并列對照，還附有579張圖。這一時期，蒙醫(yī)學(xué)家明如勒·占布拉卻吉丹增璞仁來所著的《蒙醫(yī)金匾》，是一部較為完整的蒙藥方劑學(xué)巨著。蒙醫(yī)學(xué)家羅布桑卻因丕勒編著的《蒙醫(yī)藥選編》一書，以臨床各種疾病的診治為主，論述了包括基礎(chǔ)理論、藥物、外治、“酸馬奶療法”等。外科學(xué)方面的理論和技術(shù)，也有很大發(fā)展，如清代蒙醫(yī)杰出的手術(shù)家綽爾濟(jì)墨爾根、覺羅——伊桑嘎等，對糾正四肢不能屈伸的關(guān)節(jié)脫位、骨折等，常能手到病除，覺羅——伊桑嘎采用冰凍麻醉法，切開整復(fù)粉碎性骨折，使其聯(lián)綴，然后用桑白線縫合，效果頗佳。伊希巴拉吉爾在其編寫的《甘露四部》中，詳盡地論述了“創(chuàng)傷醫(yī)治術(shù)”、“骨傷療法”、“脫臼復(fù)位術(shù)”和“蒙古震腦術(shù)”等的理論與實際操作內(nèi)容。

此期，中醫(yī)學(xué)對蒙醫(yī)學(xué)的影響有兩種途徑，一是直接影響，如蒙醫(yī)學(xué)習(xí)中醫(yī)的方法，借用中藥等，《四部甘露》中專設(shè)有“用中醫(yī)的方法和中藥治療的諸病”一章列舉了18種病的治療方法?！斗胶！返确絼W(xué)著作中也收錄了大金丸、理中丸、八理散等一些中醫(yī)方劑。同時，《本草綱目》、《保產(chǎn)機(jī)要》等中醫(yī)學(xué)著作也被翻譯成蒙古文，在蒙古地區(qū)傳播。另一是間接影響，即通過藏醫(yī)學(xué)傳入蒙古地區(qū)，從而影響和豐富了蒙醫(yī)理論，如陰陽五行學(xué)說，脈診等成為蒙醫(yī)學(xué)理論的重要組成部分?？梢哉f，這是蒙醫(yī)藥的積累輝煌時期。

解放以后，雖蒙醫(yī)學(xué)的發(fā)展進(jìn)入了嶄新的歷史時期。但如今在市場經(jīng)濟(jì)的沖擊下，蒙醫(yī)藥的發(fā)展?fàn)顩r卻不盡人意，過去在內(nèi)蒙古地區(qū)處于強(qiáng)勢的蒙醫(yī)藥正逐漸被西醫(yī)藥及中醫(yī)藥取代。雖然國家、自治區(qū)頒布了一系列保護(hù)民族醫(yī)藥的政策法規(guī)，為蒙醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)的發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ)。但是，特殊優(yōu)勢和良好待遇并沒有給蒙醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)壯大注入活力，至今未能形成應(yīng)有的特色產(chǎn)業(yè)規(guī)模，蒙醫(yī)藥在區(qū)內(nèi)外醫(yī)藥市場所占份額少得可憐。與之形成強(qiáng)烈反差的是，同為民族醫(yī)藥的藏醫(yī)藥迅速壯大為僅次于中醫(yī)藥的第二大傳統(tǒng)藥系。如何對蒙醫(yī)藥進(jìn)行繼承和創(chuàng)新性的發(fā)展，使其在當(dāng)今的醫(yī)藥領(lǐng)域競爭不至于落后，如何使特色資源豐富的蒙醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)進(jìn)行深度挖掘和開發(fā)，使其更具青春活力，為新世紀(jì)的人民健康服務(wù)，為社會帶來應(yīng)有的的經(jīng)濟(jì)效益，是當(dāng)前蒙醫(yī)發(fā)展中面臨的重要課題。