13世紀(jì)之前的1000多年是蒙醫(yī)學(xué)萌芽和經(jīng)驗(yàn)積累時(shí)期。

蒙古族與其他民族一樣經(jīng)歷了漫長(zhǎng)的歷史路程。古代蒙古族及其祖先，在同自然界和疾病做斗爭(zhēng)的實(shí)踐中逐步積累了原始的醫(yī)療知識(shí)。有關(guān)早期蒙古醫(yī)藥的事跡，國(guó)內(nèi)外史料記載很少，散見(jiàn)于一些中國(guó)古代史書(shū)和蒙古史料，如《漢書(shū)》、《后漢書(shū)》、《三國(guó)志》、《蒙古秘史》、《元史》、《史集》等。雖然不見(jiàn)專(zhuān)門(mén)性的蒙醫(yī)專(zhuān)著，但是可以肯定的是，當(dāng)時(shí)已經(jīng)出現(xiàn)了適應(yīng)社會(huì)生活條件的蒙古醫(yī)療方法。例如：馬奶療法、灸療、火針、藥物知識(shí)等。

馬奶療法即是流傳至今的一種有效方法，其中酸馬奶在蒙古人防病治病的實(shí)踐中，具有重要地位?！睹晒琶厥贰分芯陀涊d了蒙古人普遍釀制酸馬奶和喝酸馬奶的史實(shí)。如：成吉思漢的十代祖先孛端察爾“每日必至，索求酸馬奶喝”。當(dāng)時(shí)稱(chēng)酸馬奶為“額酥克”。從現(xiàn)有的史料來(lái)看酸馬奶療法，早在13世紀(jì)以前《蒙古秘史》中就記載有元朝以前蒙古人用酸馬奶救治受傷大出血昏厥病人的記載。

火的使用，在蒙醫(yī)學(xué)發(fā)展的早期同樣是不可忽視的，如恩格斯所言“摩擦生火第一次使人支配了一種自然力，從而最后把人從動(dòng)物界分離出來(lái)”。也對(duì)蒙醫(yī)中的熱熨、灸法、火針及湯藥等治療方法的產(chǎn)生提供了條件。在寒冷、風(fēng)雪等惡劣的自然條件下，可想而知，火對(duì)蒙古族先民的生活有多大的意義。他們不僅把火作為神靈物加以崇拜和祭祀，而且使之在防病治病中發(fā)揮著不可替代的作用。如:“北方者，天地所閉藏之域也，其地高陵居，風(fēng)寒冰冽，其民樂(lè)野處而乳食，臟寒生滿(mǎn)焫，其治宜灸焫，故灸焫者亦從北方來(lái)。”這是與蒙醫(yī)學(xué)有關(guān)的療法在中醫(yī)文獻(xiàn)中首次記載。這一時(shí)期的蒙古族民間醫(yī)學(xué)有了以“寒熱對(duì)立統(tǒng)一”思想為指導(dǎo)的樸素的唯物主義醫(yī)學(xué)理論。他們?cè)\治疾病時(shí)主要根據(jù)這一理論，治熱癥時(shí)用清熱解毒、消腫止痛的寒性療術(shù)和方藥，治寒癥時(shí)則用消食化淤、補(bǔ)血升溫、通暢氣血的熱性療術(shù)和方藥。這種指導(dǎo)各種醫(yī)療活動(dòng)的醫(yī)學(xué)思想成了古代蒙醫(yī)學(xué)的理論基礎(chǔ)。

同其他任何醫(yī)療體系的早期階段一樣，此時(shí)的蒙醫(yī)學(xué)尚未脫離巫術(shù)。占據(jù)統(tǒng)治地位的是薩滿(mǎn)教，“薩滿(mǎn)者，其幼稚宗教之教師也，兼幻人、解夢(mèng)人、卜人、星者、醫(yī)師于一身。”如今蒙語(yǔ)中接生員為Odgan，即是由古代女巫的稱(chēng)謂Itagan轉(zhuǎn)變而來(lái)。